Fiche de synthèse PPAM : Thym commun

Bonjour à tous,

Aujourd’hui un contenu un peu différent de ce à quoi je vous ai habitué, mais pour une fois 100% agro avec des ITK et tout le bordel. Je suis en train de travailler sur des fiches de synthèse concernant différentes espèces de plantes à parfum aromatiques et médicinales (PPAM). Aujourd’hui, tout pour produire, transformer et utiliser le Thym commun Thymus vulgaris L.

Bonne lecture ! 🙂

Taxonomie

Genre Thymus, famille des Lamiacées. Environ 350-400 espèces et variétés composent le genre Thymus, dont l’identification est peu aisée. On s’intéressera ici surtout au groupe représenté par le thym commun Thymus vulgaris L. et ses apparentés (espèces, variétés, hybrides) au port dressé, et non au groupe formé par le thym serpolet Thymus serpyllum, dit « thym sauvage » et ses apparentés au port rampant. Egalement membres du genre Thymus, ces derniers possèdent des usages comparables bien qu’ayant des arômes plus doux.

Description

Le thym commun Thymus vulgaris est un sous-arbrisseau pouvant atteindre 40 cm de hauteur. Tige tortueuse, très ramifiée, ligneuse dans sa partie inférieure. Feuilles petites, étroites, sessiles, roulées sur les bords, parfumées et de couleur vert bleu ou gris selon la saison et la variété. Les fleurs blanches à rosées à corolle bilabiées sont réunies en épis à l’extrémité des branches, et épanouies de mai à août.

Variétés et apparentés

Thym argenté Thymus vulgaris « silver posie » ou « Argenteus » : feuilles marbrées d’argent, saveur de thym modérée, les feuilles méritent d’être écrasées pour libérer tout leur arôme ; Thymus pulegioides : rustique, buissonnant, feuilles larges, fleurs rose mauve ; Thymus nitidus (syn T. richardii) : petite plante à feuilles étroites vert vif, fleurs pourpre pâle ; Thym orange Thymus x citriodorus « fragrantissimus » : 40cm, fleurs lilas pâle, feuilles gris-bleu, douces et fruitées, parfum d’orange épicée ; Thym citron Thymus x citriodorus : hybride au parfum de citron, fleurs lilas pale ; Thym citron « silver queen » Thymus x citriodorus « silver queen » : feuilles crème à argent, en hiver, bourgeons terminaux roses ; Thymus odoratissimus (syn. T. pallasianus) : longues branches lâches et molles, feuilles douces et citronnées, fleurs roses à calice pourpre. Le thym dit « maraicher » est un type issu de travaux de sélection, caractérisé par une grande productivité, des feuilles vertes et beaucoup plus longues et larges, et un arome moins puissant. Bien que les principes actifs varient en fonction de l’espèce et de la variété, mais également de l’emplacement et de l’exposition au soleil, la pharmacologie utilise une classification en 6 chémotypes, basée sur les composants majoritaires de l’huile essentielle : géraniol, linalol, terpineol, carvacrol, thymol, thujanol-4/terpineol-4.

Habitat et type de sol

Croit spontanément dans la garrigue et prés pauvres, coteaux arides, lieux rocailleux, se cultive en grande abondance jusqu’à 1500 m d’altitude. Sols calcaires, siliceux, arides, frais, légers, humifères, bien drainés. Les thyms redoutent les hivers humides et l’eau stagnante. Exposition plein soleil.

Maladies et ravageurs

Chenilles de noctuelles Emmelia traebaelis, larves de sésie Tinthia teneiformis qui perforent les tiges, piqures de cicadelles Eupteryx aurata, E. alticola et Emelyanoviana mollicula, punaises, thrips, lépidoptères Tortrix pronubana, géomètres, pyrales, altises, pucerons Myzus ornatus Laing., Kaltebachiella pallida, autres insectes tels que les genres Zygaena et Acidalia, Pyrausta aurata, P. purpuralis, P. sanguinalis et leurs chenilles, larves d’Arima marginata, escargots, maladies cryptogamiques Alternaria oleracera, Puccinia caulincola et P. menthae, Aecidium thymi, Thielavia microspora, dépérissement des plants clonés. Attention, la cuscute peut être apportée par le semis, rester vigilent.

Itinéraire technique

Semis. Compter 3 à 5 g de graines à l’are. Semer en caissettes ou sur mini mottes en mars-avril, support fin et bien drainé, sous abri à 20°C. Damer légèrement la terre avant semis et couvrir d’un peu de compost. Le délai de germination peut aller de 5 jours à un mois, en fonction des sources : deux semaines semble un intermédiaire plausible. Arrosez les plantules avec parcimonie, toujours par le bas, étant sensibles à la fonte des semis. Repiquage après 8 à 10 semaines, et une plantation définitive au printemps suivant.

Multiplication. Boutures, éclats de souche, et division permettent d’obtenir des pieds à partir d’une bonne plante mère. Prélevez les boutures sur les nouvelles pousses ou les bois tendres avant la floraison en fin de printemps, ou à l’automne. Hivernez les dernières boutures sous châssis froid. Les touffes bien établies (3 à 4 ans) doivent être divisées en fin de printemps en climat froid et humide, en automne en climat chaud et sec. La touffe doit être arrachée, et des morceaux pourvus de 6 à 12 brins séparés, en prenant soin de bien déchirer la souche. Replanter en enterrant toutes les parties qui ne portent pas de feuilles. Bien tasser la terre au pied et irriguer si besoin, et ce jusqu’au milieu de l’été.

Plantation. Pour les climats très chauds, plantation sous une ombre partielle. La plantation a lieu d’avril à mai ou d’aout à septembre. Les espacements sont de 20 à 40 cm sur le rang et 1,5 à 2 m entre les rangs selon les largeurs d’outil tracteur, 60 cm étant une largeur minimale pour les passages de cueillette. Soit une densité moyenne de 20 000 plantes/ha. Le thym peut rester en place pendant 6 ans.

Entretien. Désherber fréquemment ou pailler en sol très sec, lorsque les plantes sont jeunes. Lorsqu’elles sont adultes, il suffit de désherber avant la récolte. Irriguer seulement lors de la reprise ou en cas de sécheresse exceptionnelle. Si les récoltes sont espacées, tailler régulièrement en enlevant 10 à 15 cm de feuillage. Au printemps, tailler légèrement pour favoriser l’émission de jeunes pousses à l’arôme plus puissant, puis de nouveau après la floraison en fin d’été pour empêcher les plantes de devenir trop ligneuse ou éparpillée.

Récolte. La cueillette des feuilles peut se faire toute l’année pour un usage culinaire, et en début de floraison pour un usage médicinal. La récolte des sommités fleuries est recommandée en début de floraison lorsqu’elles sont particulièrement riches en principes actifs. Récolter à la faucille deux tiers de la repousse vers mars/avril et en fin d’automne. Déposer la récolte sur des draps et amener au fur et à mesure au séchoir.

Séchage. Le thym sèche facilement, sous réserve d’une bonne ventilation et de l’obscurité. Le séchage peut se faire sur canisses, dans ce cas, tendre des draps en dessous pour éviter des pertes de feuilles lors du séchage. Compter 3 à 7 jours de temps de séchage. Pour 1 kg de produit sec, compter 6,5-8kg de plante fraîche. On peut étaler jusqu’à 4 kg de plante fraîche par m², mais plus la couche est mince, plus la plante sèche vite.

Tri. C’est un poste important pour le thym. Battre dès que les feuilles sont bien sèches (ou rouler pour de petites quantités), puis trier à l’aide d’un sasseur ou de plusieurs tamis. Ventiler pour enlever les poussières.

Transformation et utilisation

Partie utilisée et usages. Sommité fleurie, feuilles, branche complète. Usage direct en aromate, infusion, macérat, huile essentielle (bain, savon, parfumerie, lotions, bains de bouche).

Propriétés. Bactéricide, antiviral, antifongique, expectorant, digestif par action antispasmodique sur l’intestin analogue à la papavérine (Bézanger-Beauquesne), immuno-stimulant. En usage externe, « tonique nerveux » qui lutte contre la dépression, le rhume et les difficultés respiratoires, et les douleurs musculaires. Certains auteurs lui accordent un rôle dans la désintoxication alcoolique (Annie Schneider). Les propriétés majeures diffèrent en fonction des différents chémotypes :

  • Le thym à thymol s’utilise en cas de fatigue générale, est un anti-infectieux et s’utilise dans le traitement de l’asthme, des dermites irritatives et de la couperose.
  • Le thym à géraniol est un antifongique, un antiviral et un antibactérien. C’est également un cardiotonique. Il s’utilise en cas de bronchite et d’entérite virale. Il est aussi utilisé dans les accouchements.
  • Le thym à linalol, est quant à lui, un antifongique dans les cas d’infection par Candida albicans. C’est également un vermifuge. De par sa moindre agressivité, ce chémotype est préféré pour les traitements concernant les enfants.
  • Le thym à paracymène est un antalgique s’utilisant principalement dans le traitement des rhumatismes et de l’arthrose.
  • Le thym à thujanol est un bactéricide (en particulier dans le cas de chlamydia) ainsi qu’un viricide.

Indications. Etats fébriles et grippaux, infections intestinales et urinaires, infections ORL et bronchiques, asthme, asthénie physique et psychique.

Constituants principaux. Huile essentielle à forte teneurs en phénols (dominante thymol, carvacrol, linalol, également cinéol, boméol), flavonoïdes (apigénine, lutéoline), acides phénols (rosmarinique et caféique), saponines à propriété antibiotique (n-triacontane). Nombreux minéraux et éléments-traces dont lithium, aluminium, calcium.

Toxicité et précautions d’emploi. Eviter un usage prolongé et un surdosage, les phénols étant hépatotoxiques. Contre-indiqué en cas de grossesse, d’allaitement et pour les jeunes enfants.l’huile essentielle de thym contient des phénols hépatotoxiques. 15 mL sont mortels pour un adulte, et en fonction des chémotypes et distillats, certaines huiles essentielles sont dermocaustiques. Respecter les précautions d’usage.

Formes d’emploi

  • Evaporation : 1 goutte d’huile essentielle 4 à 5 fois par jour pour ambiance olfactive, pas d’utilisation prolongée en diffusion atmosphérique, pas d’utilisation en inhalation.
  • Utilisation cutanée : 2 à 3 gouttes en dilution maximale à 5% dans une huile végétale, sur la zone à traiter.
  • Prise orale : uniquement sur avis officinal ou médical, 1 goutte par jour diluée dans une huile végétale en mélange avec de l’huile essentielle de citronnier. Poudre totale de sommités fleuries : 325 mg/gélule, 1 gélule 3x/jour avant les repas.
  • Infusion : 15g/L de branches avec sommités fleuries. Porter l’eau à ébullition, laisser infuser 10 minutes. 3-4 tasses par jour pour les affections bronchiques ou digestives. Variante en infusion composée : 20 g d’un mélange thym-menthe-réglisse, 2 tasses par jour pour indigestion et flatulences.
  • Limonade de thym : remplir une bouteille de rameaux avec sommités fleuries, recouvrir d’eau de source, laisser infuser en plein soleil pendant 3 à 4 jours. filtrer, ajouter un peu de sucre suivant votre goût. Bien mélanger et conserver au frais.
  • Sirop de thym : 2 grosses poignées de thym (en grammes ?), 1 L d’eau, 1 kg de sucre. Verser l’eau bouillante sur le thym et laisser infuser à couvert pendant toute une journée. Filtrer, ajouter le sucre et faire cuire à petit feu pendant 20-30 minutes. Vérifier la consistance du sirop. Conserver au frais ou stériliser pendant 20 minutes.
  • Apéritif au thym : 40 g de thym, 1 L de vin blanc sec et miel liquide à volonté. Faire macérer le thym dans le vin blanc pendant 10 à 15 jours, filtrer, ajouter miel suivant gout, bien mélanger et mettre en bouteille pour conserver 2 à 3 mois avant dégustation.
  • Liqueur : faire macérer pendant 10 à 15 jours un bouquet de thym en fleur dans 500mL d’alcool à fort titrage, idéalement 90°. Quand la solution commence à virer du vert au jaune brun, filtrer. Mélanger a un sirop obtenu par fonte à chaud de 200 g de sucre dans 500 mL d’eau. Un verre a liqueur 2 fois par jour.

Bibliographie

  • Anonyme (2014) Thymus vulgaris – Wikipedia
  • Avramov, Y. (2006) Ces précieuses plantes de méditerranée, Ed. Edisud, Coll. Je choisis le naturel !
  • Bremness L. (2005) Plantes aromatiques et médicinales, Ed. Larousse, Coll. L’œil nature
  • Cox J., Moine M.-P. (2011) Petit guide des herbes aromatiques – Semer. Récolter. Cuisiner, Ed. Le courrier du Livre
  • Fabiani G. (2006) Elixirs et boissons retrouvés, Ed. Equinoxe, Coll. Carrés gourmands
  • Galibert D. (2013) Bien être et santé – tout savoir sur les plantes et les huiles essentielles
  • Gerbranda W. (2004) La culture des plantes aromatiques et médicinales en bio, Ed. Editions du Fraysse
  • Guillet D. (2012) Semences de Kokopelli
  • Künkele U., Lohmeyer T. R. (2007) Plantes médicinales – Identification, récolte, propriétés et emplois, Ed. Parragon Books
  • McVicar J. (2006) Le grand livre des herbes, Ed. De Borée
  • Paume M.-C. (2007) Sauvages et médicinales – Plantes remèdes pour nos petits maux, Ed. Edisud, Coll. Je choisis le naturel !
  • Schall S. (2014) Mon jardin de plantes médicinales – Comment les cultiver, les conserver, les utiliser, Ed. Larousse

C’est la rentrée !

Foutage-de-gueule-rentree

Sérieusement… ça ne vous a jamais chatouillé l’esprit ? A part s’il y a entente sur les prix et lobbying auprès de l’éducation nationale, je ne comprends pas comment les tarifs de ces foutues calculatrices aux technologies du siècle passé puissent rester toujours aussi élevés.

Je me suis fait génotyper (et j’ai aimé ça)

Hello !

Vous vous souvenez du film « Bienvenue à Gattaca » ? La bande annonce est old school, mais c’est un long métrage d’actualité 🙂

Aujourd’hui, la réalité a rattrapé la fiction, et il est tout à fait possible d’avoir accès à son information génétique par le biais d’une opération nommée génotypage. Réalisée par certaines entreprises spécialisées, elle coûte de nos jours une somme relativement modique, de l’ordre de 75 €. L’intérêt ? En savoir plus sur ses origines et soi même, au travers d’informations issues d’études de génétique d’association relatives au métabolisme et aux risques de développement d’un certain nombre de pathologies.

Cependant, la France est encore frileuse frileuse à ce sujet : le Code civil et le Code de la santé publique stipulent que « l’étude génétique des caractéristiques d’une personne ne peut être entreprise qu’à des fins médicales ou de recherche scientifique », et seulement par « des praticiens agréés à cet effet par l’Agence de la biomédecine ».

Revendiquant le droit d’accès à mon information génétique (ça doit être mon côté transhumaniste qui parle), j’ai donc profité de ma présence sur le territoire américain pour me procurer un kit d’échantillonnage en vue de cette opération. Il existe un certain nombre d’entreprises proposant ce « personal genome service »,  mais pour certaines raisons (dont le prix et la quantité de données retournées), c’est 23andme que j’ai choisi.

Mode d’emploi en images :

Genotypage-1
Etape 1 : recevoir la boîte, qui est assez badass…
Genotypage-4
… sous tous les angles
Genotypage-2
Etape 2 : on ouvre la boîte, et on suit les instructions…
Genotypage-3
… pour enregistrer le numéro d’identification de l’échantillon sur le site internet de 23andme
Genotypage-5
Etape 3 : on réalise le prélèvement et on ajoute le tampon contenu dans le bouchon (le tube est vachement bien foutu soit dit en passant, y’a juste à clipser)
Genotypage-6
Oui oui, ce sont bien 5 mL de ma bave. Mais pure, hein : il faut être à jeun pour limiter les contaminations.
Genotypage-7
Etape 4 : on scelle le tout dans le sachet fourni à cet effet
Genotypage-8
Etape 5 : et on renvoie le tout par La Poste !

Une fois reçu par le laboratoire, l’échantillon est traité (en partie par des robots dont le but ultime est d’anéantir l’humanité et de conquérir le monde) de manière à extraire l’ADN des cellules contenues dans la salive. Cet ADN est ensuite amplifié (clique ici pour un rappel concernant la PCR), et l’étape de génotypage à proprement parler est réalisée après hybridation et lecture sur une puce Illumina HumanOmniExpress-24.

Au fur et à mesure de l’avancée du processus, le site internet de l’entreprise informe des opérations…

Genotypage-etapes

Jusqu’à arriver au plus intéressant : les résultats !

De ce côté, quelques points à retenir : le site 23andme fournit essentiellement des interprétations pour la généalogie depuis que l’agence de sécurité sanitaire américaine, la FDA, a posé son véto sur l’interprétation des données à but médical. C’est cependant un dossier en cours et à suivre de très près.

Parmi les outils disponibles, il est donc possible de se pencher sur ses origines géographiques ancestrales (3 types d’interprétations en fonction des hypothèses : conservative, standard et spéculative), d’obtenir des informations sur les haplotypes (grandes lignées) de chacun des deux parents, et d’obtenir le pourcentage de correspondance avec un génotype néanderthalien. Un deuxième set d’outils est plus spécifique à une utilisation pour les recherches généalogiques : à partir de la base de données de clients et sur le rapprochement entre les différents génotypes, le site est en mesure de vous mettre en contact avec la famille proche ou éloignée potentiellement identifiée. Enfin, un troisième ensemble d’outils est dédiée à la recherche participative menée par 23andme, lesquels mènent en partenariat avec la recherche publique des études de génétique d’association sur la base de questionnaires. Pour l’exemple, les efforts de recherche actuels sont centrés sur la maladie de Parkinson, les sarcomes, et les néoplasmes myéloprolifératifs.

Genotypage-ancestry-composition
Mes origines ancestrales selon l’hypothèse standard. Je suis à plus de 11% d’origine italienne !
Genotypage-neanderthal
Et j’ai 3% de mon génome en correspondance avec l’homme de Néanderthal… groumph !

Si la généalogie et la recherche participative ne sont pas votre dada, il est tout à fait possible de télécharger les données brutes… et de les exporter par la même vers un autre service en vue d’une interprétation médicale.

Ci-dessous, un extrait de mon fichier de résultats brut…

# This data file generated by 23andMe at: Tue Apr 22 14:47:37 2014
#
# Below is a text version of your data.  Fields are TAB-separated
# Each line corresponds to a single SNP.  For each SNP, we provide its identifier 
# (an rsid or an internal id), its location on the reference human genome, and the 
# genotype call oriented with respect to the plus strand on the human reference sequence.
# We are using reference human assembly build 37 (also known as Annotation Release 104).
# Note that it is possible that data downloaded at different times may be different due to ongoing 
# improvements in our ability to call genotypes. More information about these changes can be found at:
# https://www.23andme.com/you/download/revisions/
# 
# More information on reference human assembly build 37 (aka Annotation Release 104):
# http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9606
#
# rsid    chromosome    position    genotype
rs12564807    1    734462    AA
rs3131972    1    752721    GG
rs148828841    1    760998    CC
rs12124819    1    776546    AG
rs115093905    1    787173    GG
rs11240777    1    798959    GG
rs7538305    1    824398    AA
rs4970383    1    838555    CC
rs4475691    1    846808    CT
rs7537756    1    854250    AG
rs13302982    1    861808    GG
rs55678698    1    864490    CC
i6019299    1    871267    CC
rs1110052    1    873558    GT
rs147226614    1    878697    GG
i6052728    1    878697    GG

Pour 5 brouzoufs supplémentaires et 15 minutes de temps de traitement, le service Promethease de SNPedia vous éditera un rapport complet des associations connues entre les différents variants observés dans votre génotype et les prédispositions médicales telles que mises au jour par la recherche. Les résultats sont en anglais et ça devient assez technique, mais l’interface du rapport Promethease a ceci de bien qu’elle permet de trier les interprétations en fonction du nombre de références bilbiographiques, de degrés d’interprétation subjective « négative/neutre/positive » des phénotypes potentiels, et d’un index d’intérêt nommé « magnitude ».

Pour l’exemple, je suis trois fois plus susceptible de développer une cirrhose, mais je possède un risque moindre de fibrillation atriale… je suis également un métaboliseur lent de caféine ce qui m’y rend plus sensible, et je possède un variant dit « warrior » du SNP rs4680 : « higher COMT enzymatic activity, therefore lower dopamine levels; higher pain threshold, better stress resiliency, albeit with a modest reduction in executive cognition performance under most conditions »… ce qui veut dire que je supporte bien le stress mais que ça me rend un peu plus con ! \o/

Genotypage-promethease

En bref, l’idée du génotypage est avant tout d’obtenir des données brutes sur soi même. Les technologies permettant d’obtenir ces données sont à l’heure actuelle assez fiables, mais le problème réside aujourd’hui dans l’interprétation de cette information génétique.

Du point de vue médical, la combinaison 23andme et Promethease fait un premier pas dans ce sens, mais elle implique de garder un regard critique et un bon sens scientifique vis à vis de la masse de résultats retournés. Si vous êtes du genre à consulter Doctissimo pour le moindre de vos symptômes et de conclure que vous avez tous les cancers du monde, passez votre chemin. Vraiment. Du point de vue généalogie, 23andme seul peut retourner des résultats intéressants via l’interrogation d’une large base d’utilisateurs, et l’exportation des résultats bruts permet leur utilisation avec des outils tiers (comme par exemple la plateforme Esquilax de Stanford) ou au sein d’initiatives de recherche en génétique des populations faisant appel à ce type de données.

Pour l’un comme pour l’autre, il faut garder à l’esprit que rien n’empêche dans le futur que de nouveaux outils soient développés sur la base de nouveaux résultats, rendant plus fiables l’analyse et l’interprétation de données déjà acquises. Cette pratique de constante remise en question des résultats est quelque chose de bien ancré dans la culture scientifique.

Enfin, le libre accès à de tels outils pose bien évidemment des questions d’eugénisme, traitées dans Bienvenue à Gattaca et comme évoquées dans quelques uns des articles ci-dessous. Mais il faut garder en tête que le génome ne fait pas l’individu, et qu’une part d’épigénétique toujours mal comprise retient encore le lever de rideau sur l’interprétation complète du génome humain.

Si le sujet vous intéresse, je vous invite à consulter les liens ci dessous, qui approfondissent le sujet :

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