Guadeloupe, semaine 1

Guadeloupe-S1-01

Bonjour à tous,

Je vous avais rapidement parlé de mon prochain départ lors d’un précédent billet, mais au cas où vous l’ayez loupé : ça y est, je suis en Guadeloupe! Pour remettre les choses dans leur contexte, j’ai candidaté au CIRAD pour une offre de stage de fin d’études, où j’ai été recruté pour travailler sur la cercosporiose noire, une maladie du bananier. J’ai d’abord passé deux semaines sur le site de Baillarguet, à Montpellier, pour suivre une formation sur le protocole que je dois mettre en place en Guadeloupe (je pense que j’écrirai un article à part pour vous expliquer tout ça), avant de décoller pour la station expérimentale de Neufchateau.

Avant même de toucher le sol guadeloupéen, la première chose marquante sont les couleurs, qui percent les nuages bas pour arriver jusqu’au hublot de ton avion en approche, et te font bien comprendre que tu arrives en zone Caraïbes. Du vert vif pour les végétaux, de l’ocre foncé pour les terres, et bien sûr un dégradé de turquoise vers le marine pour le rivage et ses récifs coralliens. Une fois sur le tarmac, le stewart en rajoute évidemment une couche en annonçant en français, en anglais, mais surtout en créole que la température au sol est de 27°C. Par chance et malgré un retard dans vol, j’ai pu éviter d’une petite demi-heure la panique à l’aéroport de Pointe-à-Pitre causée par une coupure de courant, qui a fait que tous les avions ont du être détournés vers Fort-de-France, en Martinique. Bien renseigné sur les horaires des vols, Frédéric, mon maître de stage, arrive en parfaite synchronisation et m’accompagner à la station expérimentale, malgré que lui aussi soit fatigué d’un retour de congrès de planteurs à Cuba.

Le site de Neufchateau s’étend sur une quarantaine d’hectares de la commune de Capesterre-Belle-Eau, sur les douces pentes des contreforts Est du massif de la Soufrière. On y trouve la direction régionale du CIRAD pour la zone Antilles-Guyane, un institut technique bananier, ainsi que des équipes travaillant sur l’agronomie, la physiologie, l’épidémiologie, la virologie et la sélection variétale de l’ananas et du bananier. La page dédiée du site internet du CIRAD sera évidemment plus exhaustive. Le site est très bien entretenu, les bordures sont débroussaillées de près et les arbres bien taillés, et c’est en remontant une très jolie allée de fougères arborescentes traversant les premières parcelles d’essais de bananiers que l’on arrive au bâtiment de recherches. Plus haut encore, on aperçoit les premiers vrais reliefs de la Basse Terre, et sa forêt primaire. Cela dit, pas besoin de regarder bien loin pour voir des choses : il y a ici tout un tas de nouveaux oiseaux, reptiles, insectes et plantes faciles à observer, mais nous pourrons en parler plus tard.

Etant donné que c’est de saison, nous sommes une petite armée de stagiaires sur place, tous logés dans des bungalows situés vers l’entrée de la station. Ce sont des logements très corrects, bien équipés, en mode “la kaz a moin kréyol” (ma case créole), avec ou non vue sur la baie (je me suis fait arnaquer sur ce dernier point puisque j’ai une vue sur les bananiers, cela dit il y a toujours moyen d’aller prendre le ti’punch chez les voisins). Seul point noir au tableau : pas de connexion internet. Il existe un point d’accès wifi au “Guest”, le bâtiment d’accueil et de réunion situé entre les bungalows, mais le signal faiblard implique que l’on s’y installe en vrac sur les marches pour se connecter le soir. Malheureusement, ce point d’accès a été coupé ce weekend pour une maintenance réseau, ce qui implique de remonter au bureau pour se connecter. Pas très pratique et à suivre dans le courant de la semaine, mais on ne va pas trop râler au vu du prix plancher du loyer.

Parlant de weekend, celui de Pâques semble être un temps fort de l’année pour les Guadeloupéens, qui se retrouvent en famille autour de gros campements installés sur les plages. Pour ce premier weekend prolongé, la joyeuse troupe de stagiaires m’a embarqué avec elle pour vadrouiller sur l’île.

Vendredi, nous sommes partis en direction de la pointe septentrionale de Grande Terre pour une randonnée sur les falaises de calcaire au départ de l’anse de la Porte d’Enfer. Nous avons marché une petite dizaine de kilomètres sous la bienveillance du vol des frégates, et dans une brise atlantique traître ayant dissimulé la morsure du soleil caribéen. En chemin, nous nous sommes arrêtés pour profiter des embruns d’un souffleur, configuration rocheuse côtière produisant sous l’effet de la houle un geyser d’eau salée. En reprenant la voiture, et après un passage à la pointe de la Grande Vigie où nous avons pu observer le passage du cap de la part d’un banc de dauphins, pause plage de sable blanc à Anse Bertrand et premier masque-tuba très encourageant pour la suite des festivités.

Samedi, nous avons embarqué à partir de Trois Rivières pour une traversée sous la pluie et la houle mais rigolote, accompagnée par des poissons volants, en direction de l’île de Terre de Haut, aux Saintes. Pour faire bref sur le programme de la journée : balade et glandouille de plage en plage, lagons coralliens et pleine ouverture sur l’Atlantique inclus. Hé ben, les Saintes c’est bien joli, mais c’est vraiment tout rikiki et très aride en cette saison. J’imagine que j’aurai l’occasion d’en reparler, mais en comparaison à la côte au vent (côte Est) de Basse Terre et ses 12 000 mm de pluie annuelle (oui oui, 12 m), les Saintes ne reçoivent qu’un “petit” 1 750 mm. Niveau topographie, Terre de Haut est assez encaissée, mais reste toute en pentes douces, et l’île peut être intégralement parcourue à pieds en moins d’une petite demi journée. Bien que les saintois soient reconnus comme des pêcheurs hors pair, les habitants semblent s’essayer au retour à la terre, et ont installé quelques animaux sur leurs parcelles. Malheureusement, la repousse semble très limitée en cette période sèche, et le complément fourrager inexistant. Résultat : des bêtes en pauvre état et des sols mis à nu qui s’érodent sous l’effet du piétinement et des alizés. Au delà de cet aspect agro, la vie semble tranquille sur l’île, au point de se demander ce que les saintois font de leurs journées, quand ils ne travaillent pas à l’accueil des nombreux touristes qui affluent chaque matin par les navettes maritimes. Bref, une chouette journée aux Saintes.

Dimanche, nous avons été faire un tour en Grande Terre, dans la ville de à Morne-à-l’Eau. Il est à noter qu’en cette période des fêtes de Pâques, et en tant qu’aliment maigre, le crabe est un mets de choix. D’autre part, certaines communes idéalement situées sur des territoires marécageux sont imprégnées d’un important folklore lié à ce fier décapode. C’est ainsi que les mornaliens célèbrent chaque année pour le weekend de Pâques la Fête du Crabe, où l’on mange des plats à base de crabe, où l’on parle de crabe, où l’on se fait pincer fort par des crabes, où l’on élit le plus gros crabe, où l’on fait des courses de crabes, et où l’on danse et l’on chante crabe. C’est crabement drôle et bon enfant.

Lundi, changement de décor puisque nous nous sommes promenés sur Basse Terre, en en faisant le tour complet par la très belle nationale, toute en courbes, en montées et en descentes, longeant la côte, surplombant la mer et traversant la forêt primaire, tout offrant des points de vue à couper le souffle. A tenter absolument en moto. Il est amusant de noter à quel point la côte au vent (Est) et la côte sous le vent (Ouest) sont différentes, l’une humide et luxuriante, l’autre beaucoup plus aride, et de constater que l’on traverse un si grand nombre d’environnements en un si faible kilométrage. Dans cette journée de balade, nous nous sommes arrêtés à la plage de Malendure, qui délimite avec les ilets Pigeon la réserve Cousteau, dans laquelle il est facile de nager avec des tortues de mer ! Sur le chemin du retour, nous avons fait une pause rafraîchissante à la cascade aux écrevisses, située sur la route de la Traversée, en cœur de Parc National, pour une baignade ombragée en eau douce bien réconfortante après l’eau de mer et le soleil.

Pour finir, pour reprendre les bonnes habitudes, des photos !

Bisous, prenez soin de vous !

« La kaz »

« La kaz »

« La vue depuis la terrasse des voisins »

« Entrée de la station »

 

« Entrée de la station : allée de fougères arborescentes »

« Bureaux et labo »

« Anse de la Porte d’Enfer »

« Trou de Madame Coco »

« La côte »

« En contrebas »

« Végétation »

« Pas dangereux du tout »

« Turquoise »

« Souffleur »

« Plage de l’Anse Bertrand »

« Traversée sous la pluie »

« Les Saintes sous la pluie également »

« Les Saintes »

« Les Saintes »

« La Baie des Saintes »

« Un lagon de l’autre côté de l’île »

« Plage du lagon »

« Des cocotiers, des chèvres et des iguanes »

« Mouillage dans la baie des Saintes »

« Aérodrome en bord de plage, décollage plein Atlantique »

 « Retour des nuages »

Une journée normale en sélection des plantes

R

Eh oui, on utilise R à toute heure en sélection des plantes! 🙂

Pour les personnes ne le connaissant pas, R est un puissant logiciel libre de traitement statistique, que nous utilisons au quotidien pour traiter et nous y retrouver dans la masse de données liée à la génétique de nos plantes. Il est largement utilisé dans les laboratoires de recherche, en particulier pour valider les données issues des expérimentations. En tant que logiciel libre, tout un chacun peut l’améliorer, et c’est pour cela que l’on trouve sur internet des modules complémentaires permettant d’effectuer des calculs spécifiques à différentes disciplines scientifiques.

Fonctionnant en ligne de commande, il peut paraître rebutant à l’utilisation, mais cet aspect est vite gommé par les résultats obtenus ! L’idéal pour commencer serait alors d’investir dans un bouquin d’initiation, comme « Statistiques avec R » des Presses Universitaires de Rennes, un ouvrage clair et illustré pour bien débuter!

R peut être téléchargé à l’adresse http://www.r-project.org.

R2

Montpellier, semaine 14

Bonjour à tous !

Ça fait un bail que je n’ai pas écrit par ici ! En fait, pas depuis l’article sur ma première semaine montpellieraine, publié début septembre. Ouais, ça craint, hein? Mais tout n’est pas perdu! Étant donné que les vacances de Noël approchent, il m’est possible, par un subtil truchement logique, de retourner le problème et de retomber sur mes pattes en vous proposant une rétrospective de la première moitié de semestre passée à SupAgro. Je pourrais du coup en profiter pour vous parler un peu plus en détails du contenu de la formation suivie, mais aussi vous toucher deux mots quant à la vie sur le campus de la Gaillarde, entre autres choses !

Allons-y, donc.

Comme j’en parlais dans mon billet de septembre, j’étudie dans l’option APIMET, qui nous forme à la sélection variétale. Pour remettre les choses dans leur contexte, les sélectionneurs sont des monomaniaques de l’amélioration des végétaux, qui peuvent travailler à la compréhension des mécanismes impliqués dans la tolérance aux stress environnementaux, la résistance aux maladies, et l’augmentation de la productivité d’une manière générale. C’est l’aspect « recherche fondamentale » de la discipline. Mais comme leur nom l’indique, les sélectionneurs pratiquent surtout, au sein de tout un tas d’espèces cultivées, la sélection variétale. C’est ici l’aspect « de terrain », qui revient, sur la base des critères évoqués, à sélectionner les plantes ayant des caractéristiques recherchées pour éventuellement les faire se croiser entre elles et obtenir une plante encore mieux ! Le sélectionneur est donc, en quelque sorte, une espèce d’agent matrimonial pour plantes exigeantes (oui, c’est un parallèle facile et rigolo avec des sites de rencontre comme Attractive World, pour « célibataires exigeants », lol).

Il est cependant nécessaire de reconsidérer, du moins partiellement, l’image d’Épinal du sélectionneur dans son champ, casquette vissée sur le crâne, bottes en caoutchouc aux pieds et carnet de notes à la main. Car oui, mesdames et messieurs, la sélection se dote de nouveaux outils, aborde le virage de l’information à haut débit, et il devient de plus en plus fréquent de sélectionner la plante sur des résultats massifs de phénotypage, génotypage, voire séquençage, nécessitant d’importants traitements informatiques et statistiques. C’est ce que nous avons pu observer lors de visites, à la fois chez les grands semenciers et les labos publics. Et c’est ce dont à quoi nous sommes en train d’être formés, au travers des modules de génomique appliquée, ressources génétiques et gestion de la diversité, méthodes de sélection et création variétale, gestion des stress abiotiques et biotiques, statistiques et modélisation. Un joli set d’outils (dont beaucoup de R) qui, je l’espère, nous permettra de nous débrouiller dans tout contexte de sélection !

Concernant les débouchés, le double aspect fondamental/terrain mène à des postes aussi bien chez des instituts de recherche en France ou à l’international, que chez des semenciers allant de la petite coopérative à la grande multinationale. Le truc chouette, c’est qu’au delà des salaires moyens à l’embauche, qui sont parmi les plus élevés à la sortie des écoles d’agro, le marché est actuellement demandeur en sélectionneur. Pour illustrer ce propos, nous avons reçu cette année dans notre formation près de 40 offres de stage de fin d’études, pour 12 étudiants seulement…

…ce qui me permet de transitionner très habilement vers l’épineuse question du sujet de stage de fin d’études ! Enfin, pas si épineuse que ça dans la mesure où j’ai été reçu à l’entretien d’une équipe de recherche sympa, sur une problématique sympa, et dans un endroit sympa. En quelques mots : mise en place d’un test sur bananier pour sélection sur résistance à la cercosporiose noire, CIRAD Guadeloupe. La station expérimentale est basée sur les hauteurs de Capesterre-Belle-Eau (ici l’article Wikipedia, là une vue satellite GéoPortail), et a l’air d’autant plus chouette qu’on peut en trouver des photos et des récits au quotidien sur le blog d’une élève-ingé de l’ENSAIA, passée par là-bas en 2007 pour travailler sur la qualité et la durée de vie du fruit en liaison avec cette même maladie. Wait and see, donc.

Pour revenir brièvement sur la vie montpellieraine avant de conclure, on a en fait pas mal de boulot (surtout dans les modules de génétique quantitative, notez bien ça futurs copains APIMET), ce qui ne rend pas forcément évident le fait de caser les sorties dans l’emploi du temps. Heureusement, l’ambiance de la promo sous la pression est plutôt bien tamponnée, et la toute récente campagne pour l’élection de l’équipe du Cercle (l’équivalent du BDE) est venue détendre tout le monde. Petit point sur cette campagne, qui se déroule d’une façon rigolote : les différentes listes se présentent de façon anonyme, aphone et masquée, sous un nom amusant (cette année: les Guyguydanceurs, les Guymmortels, les Nimport’Guys, les Guylis Guylis, les Power Guyseurs), et organisent des évènements pendant toute une semaine au sein de la résidence afin de prouver leurs détermination et motivation. Le meilleur étant bien évidemment la livraison de petit déjeuners à domicile 🙂 Voila! Sinon à part ça, on s’est amusés à se faire des hoodies de promo, et puis c’est à peu près tout. Mais bon, on fait de la génétique et on le fait bien. Que demande le peuple ?

Dernière semaine avant les vacances de Noël, donc, avec un module à priori tranquille de législation en industrie semencière. J’ai hâte de rentrer pour revoir la famille et mon païs, bien manger, distribuer mes cadeaux, en recevoir aussi, revoir les amis et aller skier. Et vous, vous avez quoi de prévu ? 🙂

Je vous laisse, je file voir le Hobbit dans une salle obscure 😉

Baïetas !

« TD de génétique quantitative sous R par visioconférence avec J.-L. Jannink, USA »

« 23h, hôtel les Balladins Clermont-Ferrand, cours du soir de génét' »

« Les Guymmortels »

« Les Power Guyseurs »

« Les p’tit déjs! »

« Soirée crèpes de l’option agroalim »

« TD ModelMaker »

« Un maïs OGM rigolo »

Montpellier, semaines 1 et 2

Bonjour!

Et oui, on fait repartir le compteur à zéro, et pour cause, j’ai démarré ma troisième et dernière année de cycle ingénieur à Montpellier SupAgro. J’y étudie dans la spécialisation APIMET (oui, la fameuse tant convoitée!), qui forme des ingénieurs spécialisés en génétique, génomique et sélection variétale. Avant de continuer et puisque nous sommes dans un contexte de jovialités biotechnologiques, mettons les choses au clair: je ne veux pas entendre de « ha, donc tu fais des OGM! ». Non seulement parce que la plupart des personnes ont une définition restrictive et calquée sur la diabolisation médiatique des OGM, ne comprennent pas ce qu’ils sont et n’ont aucune idée des enjeux qu’ils soulèvent, mais aussi parce que mes collègues biologistes en recherche travaillent au quotidien avec, et en manipuleront plus en six mois de labo que moi-même dans toute une vie (lorsque vous lirez cette fin de phrase, les plus farouches activistes de mes lecteurs m’auront déjà catégorisé de pro-OGM en fermant la page, sans même essayer de comprendre le point de vue du biologiste qui est le mien). Bon.

APIMET, donc, à Montpellier SupAgro.

Le campus de l’école est tout juste énorme en comparaison à celui de Clermont-Ferrand. Il s’étend sur le domaine de la Gaillarde, mais aussi d’autres domaines à Montpellier et ailleurs, et accueille en plus de l’école en elle-même les bâtiments des unités de l’INRA Montpellier.Vous vous en doutiez, mais la résidence est elle aussi sans commune mesure avec Clermont, répartie entre un format de bâtiment d’appartements étudiants classiques, et un lotissement de maisonnettes à studio, « les Hameaux ». Certes le format permet un commérage moins aisé en comparaison aux longs couloirs habituels, mais ce n’est que le début de l’année, et je suis sûr que mon voisin et mes camarades de promo auront des choses intéressantes à raconter.

Parlant de la promotion, et malgré sa taille limitée (12 étudiants), celle-ci est d’une diversité d’origines géographiques remarquable: Syrie, Mali, Congo, Brésil, Russie, Tunisie, Polynésie, et divers patelins français. Nous avons pu commencer à faire connaissance la semaine passée, lors d’un voyage d’études de deux jours où nous avons rendu visite aux chercheurs de l’INRA d’Avignon, ainsi qu’aux sélectionneurs du semencier Clause et du Centre Français du Riz. Ca à discuté de sélection variétale tomate, melon, piment et poivron, aubergine (en râlant gentiment parce que tous les sous vont à la recherche tomate), courgette et -vous l’aurez deviné- riz. Il y a l’air d’avoir pas mal de boulot, à la fois en recherche publique et privée, sur ces questions de sélection, et ce autant au niveau ingénieur pour les postes de sélectionneur et ingénieur de recherche, qu’au niveau doctorat pour les « prebreeders » (qui sont des postes chargés de travailler sur les ressources génétiques brutes afin d’y repérer des caractères d’intérêt sur lequel le sélectionneur pourra faire son oeuvre) et chargés de recherche. C’est une bonne chose.

Cela dit, et plus ou moins en rapport avec la question du stage de fin d’études, il va falloir réfléchir relativement tôt à ce qu’il se passera une fois le diplôme en poche. La question m’a une fois de plus effleuré l’esprit aujourd’hui même, puisque nous étions conviés aux soutenances de fin d’études de nos collègues de l’année supérieure. Thèse de doctorat? Emploi dans le public? Dans le privé? Dans quels domaines? Fuck the world et installation en agriculture? Et pourquoi pas l’entrepreneuriat? Tant de possibilités, tant d’idées! Le choix risque d’être difficile, et il faudra certainement la jouer fine…

Il faut aussi dire qu’avec l’environnement scientifique en agronomie montpellierain, il y a de quoi faire pour préparer tout ça, le facteur limitant étant sur le point d’être le temps… Mais j’espère tirer mon épingle du jeu, et compte profiter des structures entrepreneuriales pour continuer à développer un projet sur le coin du feu depuis quelques mois déjà, et récemment récompensé par la Fondation Unice. D’ailleurs, si vous voulez en savoir un peu plus, je vous invite à venir me faire un coucou lors de la remise des prix des Entrepreneuriales 2012 de la fondation, qui se tiendra le 9 octobre au théâtre Valrose, à Nice! Je devrais également être sur le barcamp de l’entrepreneuriat étudiant, ce jeudi 27 septembre à Montpellier.

Bon, ça commence à faire un sacré pâté de texte relativement introspectif. Je vais conclure en vous racontant que cette semaine on est dans un module de stats, et que la semaine prochaine on sera dans un module de stats, avant de passer dans trois semaines à de la génomique végétale youhou! Voila, j’vous laisse.

A bientôt!

Maman, je passe à la télé viet!

Yeahhhh, je donne une image mal rasée de la France ! Pour ma défense, l’équipe de télévision est passée en traître pendant un TP d’ingénierie métabolique, et a demandé des images de manip vietphap (franco-viet, pour traduire)…

Sinon tout va bien, pas grand chose de particulier en ce moment, à part que l’on n’est pas partis sur l’île de Cat Ba ce weekend à cause de la quantité de boulot d’Alexia (qui d’ailleurs s’en va à Hai Phong pour un voyage d’études la semaine prochaine (la vengeance sera terrible ! (j’aime imbriquer des parenthèses))). Au labo, on commence à avoir des résultats, les gènes sont pour partie amplifiés et on va débuter les clonages dès la semaine prochaine.

J’espère que tout se passe bien pour vous, donnez moi un peu de vos nouvelles à l’occasion ! Ha et aussi, étant donné que j’ai reçu les premières demandes pour les cartes postales, si vous voulez en recevoir une faites moi signe ! Même chose pour les trucs que vous aimeriez que je vous rapporte, histoire qu’on s’organise. Merci! 😀

Bisous bisous! 🙂

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